近年來，我國嚴格區分政府投資項目和非政府投資項目，實行不同的管理。對于政府投資項目，嚴格遵守《政府采購法》和《招標投標法》，實行嚴格的管理程序。對于非政府投資項目，強調市場調控，政府只管秩序和安全。此外，政府投資項目進一步分為經營性政府投資項目和非經營性政府投資項目，實行不同的管理。經營性政府投資項目采用項目法人責任制，非經營性政府投資項目實行集中專業化管理。
(一)經營性政府投資項目
對于經營性水利工程建設項目，政府可以采取一定的投融資手段參與建設；對于社會效益較大的項目，政府可以通過資本參股的方式提供資助和支持；對于市場可以自行解決的項目，財政不再安排資金。目前，我國對于經營性股份投資項目，主要采用項目法人責任制，政府相關專業部門根據《中華人民共和國公司法》設立國有獨資公司。有限責任公司貨物有限公司對大多數項目采用投資公司的形式，項目法人充當項目業主，承擔項目法人的職能。采用項目法人責任制，采用政府特許權管理公共設施建設項目，或者政府購買服務等支出方式，有吸引民間資本參與的好處。在采用這些管理方法的過程中，必須建立嚴格的風險評估和風險應對機制，增強企業履行合同的法律意識。
(二)非經營性政府投資項目
對于非經營性政府投資項目，我國仍采用傳統的建設管理模式，建設單位提出項目建議書和可行性研究報告，報政府計劃部門審批，確定投資額度和年度投資計劃，財政部門撥付建設資金，然后建設單位組織基礎設施單位進行建設。在這種投資管理模式下，投資者與建設者分離，政府作為投資主體，并沒有直接參與項目的建設過程。通常這種模式下的建設單位大多是非營利的社會公共管理或服務部門，技術和管理不足。最后，建設單位自然成為項目建成后的用戶，在項目建設過程中有追求自身利益的傾向。

二、水利工程投資管理中存在的問題分析

(1)項目決策階段存在的問題分析
在項目投資決策階段，主要對各項技術經濟指標進行論證和投資估算，對項目建成投產后的成本和經濟效益具有至關重要的影響，是項目投資控制的重要階段。在項目決策階段，我國水利工程建設項目的問題主要存在于可行性研究中。一方面，在現有的經濟管理體制下，投資者不承擔投資風險，因此做好可行性研究的主動性較差。另一方面，由于咨詢單位隸屬于行政部門，受本位主義影響，容易高估效益，低估投資，使得可行性研究難以達到預定目的；另一方面，由于可行性研究工作時間短，缺乏備選方案，容易出現決策失誤，一旦出現決策失誤，后期完善的控制和管理無法彌補損失。
(2)項目設計階段存在的問題分析
項目決策階段結束后，進入項目設計階段，設計階段也是投資控制的關鍵階段。但由于各種因素的影響，設計階段的工程造價控制管理并沒有得到應有的重視。首先，設計師的風險意識很高。與項目的投資相比，他們更注重項目的安全，從而保守設計，缺乏應有的創新。一些設計單位為了獲得更多的設計項目，往往會照搬之前類似項目的設計經驗，不能貼近實際項目。后期設計方案的變更必然導致投資偏差；其次，大量水利工程項目缺乏設計方案的優化，沒有大力實施限額設計。建設單位只注重技術可行性和經濟合理性。最后，由于新材料、新設備的不斷涌現，工程造價的約束力降低，導致預算與結算的差距不斷增加。
(3)工程造價計算中存在的問題分析
現行的工程造價計算類型主要包括投資估算、設計概算、項目管理預算、竣工結算和竣工決算。
1.在投資估算和設計概算過程中，部分投資者為了盡快推出項目，缺乏應有的嚴肅性，人為降低投資額。此外，投資估算中選擇的數據有時誤差較大，導致投資估算缺乏相應的準確性，進而給施工企業帶來沉重的負擔。
2.目前，項目管理預算被高估。項目管理預算的編制往往根據工程建設情況，按照總量控制和合理調整的原則，合理調整初步設計預算中每個項目的數量和價格，有利于施工過程中項目成本的管理和控制。
3.竣工結算和竣工結算。竣工結算時，施工單位和施工單位應當對承包工程進行最終結算。竣工結算是建設單位向國家或者項目法人報告建設成果和財務狀況的總結文件。從成本角度來看，竣工結算只是合同范圍內的成本，竣工決算是完整的成本。
(4)工程招標階段存在的問題分析
目前，我國工程招標過程中存在投標串標的不正當競爭行為，其目的是擠出其他競爭對手，但結果往往損害投標人雙方的利益。此外，項目管理并不完善。從投標人的投標文件來看，項目管理團隊很強，但中標后實際到崗人員很少，多報少報的管理情況往往會導致項目管理混亂，難以實現承諾的目標。
(5)工程實施階段存在的問題分析
工程實施階段的問題主要存在于工程變更中。首先，工程變更通知的內容只描述變更項目的內容、范圍和數量，不確定變更工作的具體成本。其次，目前施工過程中變更比較隨意，施工通常會因為業主要求加速或者工程師的現場指令而變更，變更缺乏限制程序。如果不加強控制，這種變化會對控制工程造價產生極其不利的影響。
(6)工程竣工結算階段存在的問題分析
在編制結算書時，施工單位有意增加工程量或巧立名目，提高收費標準，主要有以下幾點：
1.違反工程量的計算規則，重算，或多或少計算工程量。比如違反規定，混淆各分項工程的界限，重算工程量，不扣除應扣除的工程量，分別計算應合并計算的工程量，額度中包含的內容另計工程量等。
二、違反定額規定，多計工程直接費用。舉例來說，不同規格的分項工程，工程量混合計算造成高套定額，自行提高定額單價，隨意增加材料消耗，多計鋼筋調整量，增加鋼筋混凝土含鋼量，結構相似，定額分別定價，高不低。
3.違反收費規定和標準，亂收費。比如材料差價計算不準確，同一項目的不同專業按其中一個專業同時收費，隨意套用收費基數多收費。

三，結語 　　
雖然我國水利工程投資管理存在一些問題，但隨著項目投資控制的加強和投資控制管理措施的加強，我國水利工程投資管理體系日益完善。